在参加完第二代雷影的葬礼后，三代雷影前往木叶隐村，衷心的向木叶鞠躬请罪，并参与了第二代火影的葬礼。
日斩继任火影后，团藏以暗部培训部
的名义成立属于自己的独立组织“根”，并以领导者的身份在暗中活跃。他深深继承了第二代火影冷酷的思想，信念是彻底遵守规定，由于日斩没能很好地延续第二代火影治理宇智波一族的基本方针，因此使团藏背负起了村子的黑暗。
令人引起怀疑的是，团藏一直用绷带包裹着自己的右眼，极有可能是团藏夺取了宇智波镜的右眼。
在第二次忍界大战中，团藏带领着得力部下大蛇丸与油女龙马将有才能的孤儿兜用为间谍派往各国，之后又认为兜知道太多秘密，而策划他与孤儿院的院长野乃宇自相残杀。
在第三次忍界大战中，团藏为了木叶的未来，坚决不允许与岩隐村停战，为了阻挠晓组织弥彦、长门、小南与土之国首脑进行和平谈判，团藏带领他的根组织成员伪装成岩忍，他们向雨隐村附近的村庄多次进行屠杀，并在弥彦长门小南前往土之国的途中发起袭击，为防止留下木叶的证据，于是下令将全部尸体回收。
随后团藏与雨忍首领山椒鱼半藏暗中合作，怂恿半藏铲除以弥彦为首正在崛起的晓组织。
在此之后，两人各自带领自己的部下使用下三滥的手段，最终害死弥彦。
曾经初代火影柱间在与宇智波斑的激战中，使用木遁秘术制服了九尾，但是在他之后没有人继承此术，要想制服尾兽，写轮眼或木遁必不可少，于是，木叶村开始倾尽全村之力为复活初代木遁秘术而做起研究。然而，在自愿成为试验体的成年人身上进行的柱间细胞移植试验，却不断失败，增加不少牺牲者，因此这番尝试被视为禁术并封印了起来，然而，大蛇丸为了收集各种忍术，所以仍旧在继续已被封禁的柱间细胞移植试验，他陆续
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绑架了村中的下忍、中忍、暗部以及木叶周边村落的六十名婴儿，他从初代火影的尸体中提取出遗传基因，然后把遗传基因注入六十个婴儿的身体中进行人体实验，但排斥反应很强烈，他们相继死去...随着岁月的流逝，令大蛇丸吃惊的是，试验体大和存活了下来。
争夺火影
第三次忍界大战结束后，猿飞日斩做出让步使木叶与岩忍村签订了和约。团藏要求日斩对在战争中牺牲的木叶忍者负责，随后三代目火影主动辞去了火影之位。
在筛选下一任火影之时，团藏曾打算推荐大蛇丸上位以加强自己手中的权力，但日斩认为大蛇丸眼中藏着邪恶和野心，不能将火影的重任托付到这种人身上，随后日斩与转寝小春等高层一同推举自来也的徒弟波风水门，之后，团藏的想法因此没能实现。
随后团藏来到大蛇丸的实验室，大蛇丸认为第三代的本意是要将水门当做傀儡，从而师徒一同控制木叶，团藏意识到，照这种做法，木叶没有未来，随后大蛇丸表明只要将木遁移植实验研究成功，掌控木叶村的权利简直易如反掌，团藏也为掌控权利等待着时机成熟从而实施强硬手段。之后，团藏带着自己的部下甲、乙、丙离开了大蛇丸实验室。
在九尾袭村事件中，日斩赋予了团藏可以调用暗部和警务部队的特殊权利，随后团藏负责带领暗部与宇智波警务部队保护非战斗人员。
尽管四代火影成功击退了九尾，但为此付出的牺牲实在太大，紧接着木叶高层与村中的忍者们一起讨论着选择合适的火影继承人。在会议中，奈良鹿久提出由水门的后一代忍者继位，但转寝小春认为他们的经验还不足以领导众人，此时猿飞日斩挺身而出，自愿担此重任，随后得到了木叶高层水户门炎、转寝小春等众人的支持。
团藏怀恨在心，他仍旧想要夺取村子的控制权，之后团藏利用卡卡西心中的黑暗，诽谤三代火影。卡卡西陷入了困境，后来卡卡西通过与三代火影的谈话消除了心中的疑惑，也因此使卡卡西明白了团藏的阴谋诡计。
之后三代火影召集了全体暗部忍者，三代火影从他们之中，挑选了几个精英忍者作为护卫。陪同三代火影前往大名府接受任命。为了三代火影的安全，由卡卡西变化为三代火影的模样。
而团藏趁日斩前往大名府的途中让部下们迅速杀死日斩，在战斗中，根的暗部忍者天藏使用木遁之术贯穿三代火影的身体。紧接着，三代火影用替身术躲过，紧接着，站在树上的卡卡西使用雷切接连摧毁了天藏的木遁树枝，原本卡卡西能够杀死天藏，但考虑到天藏的木遁忍术以后可能会对村子有所帮助而放过了天藏。
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