每一次盟军航母舰载机的起飞与降落，都伴随着一阵尖锐的呼啸声；而战列舰那巨大炮管中的弹药装填，则像是一声声沉闷的怒吼。这些声音交织在一起，形成了一首死亡的交响曲。每一个音符响起，都意味着厄普西隆又有一座建筑在猛烈的攻击下化为废墟。
盟军的海军犹如一把锋利无比的利刃，在这片辽阔的战场上势如破竹，所到之处皆是一片狼藉。反观厄普西隆的海军，实在是显得太过弱小和无助。说来奇怪，似乎在正面的大规模海战对决中，厄普西隆从来就没有品尝过胜利的果实。即便是面对实力稍逊一筹的联盟海军，他们的胜率也是可怜的零。造成这种局面的原因显而易见——厄普西隆的海军无论是在装备技术、战术策略还是人员素质方面，都远远落后于其他势力。这样一支海军队伍，在残酷的战争面前，自然只能成为失败者。
盟军终于成功肃清了此地的所有厄普西隆部队。随着信标被破坏，被控制的美军和苏军恢复了自由意志。盟指松了一口气，他深知这场胜利来之不易。然而，战争还远未结束，他必须带领盟军继续前进，他有一种预感，和厄普西隆最终的决战不会太远了。
“尤里和被他控制的苏联部队将不再会威胁到坚守这片区域的太平洋阵线了，这也为我们提供了一个有用的根据地。有了这种新型的科技，我们就可以逐步摧毁厄普西隆的据点，并夺回它们的控制权。”
在悖论远征军和友川纪夫流亡部队的支援下，太平洋阵线的部队成功将心灵军团赶出了维尔京群岛，盟军也成功得到了天气控制机的技术并在内部共享，盟军终于获得了与核弹发射井相抗衡的大规模杀伤性战术武器，使盟军将来即使没有悖论引擎的支援也能更从容的面对他们的敌人。同时，太平洋阵线的部队也加入了悖论远征军，准备南下和远征军主力一道向位于南非的厄普西隆大型要塞进军，但在此之前，他们要前往圣胡安解救一批发出了求救信号的美军。
虽然对维尔京群岛的直接进攻失败了，但尤里不会轻易放过夺取盟军科技并攻击悖论引擎的机会。盟军随后侦测到位于亚马逊雨林的异动，为了悖论引擎和维尔京群岛的安全，在盟军指挥官的指导下，谭雅和友川纪夫两位英雄将会前往亚马逊雨林并发动一场突击行动。
解除控制的苏军在短暂的商议后选择了离开，他们踏上了横跨大西洋的旅程，准备前往中东投奔联盟。尽管盟指劝说他们加入悖论远征军，但由于内外的激烈反对这件事最后没能成功。盟指望着海边渐渐远去的苏军身影，他想着联盟方的状况到底是不是如同厄普西隆所宣传的那般已经和苏军一同彻底覆灭，他不知道。
“到最后，只剩下我们了么？”
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